Bioinformatika ialah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasiuntuk mengelola dan menganalisis informasi hayati. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologi, terutama yang terkait dengan penggunaan sekuens DNA dan asam amino. Contoh topik utama bidang ini meliputi pangkalan data untuk mengelola informasi hayati, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan struktur protein atau pun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.
Bioinformatika pertamakali dikemukakan pada pertengahan 1980an untuk mengacu kepada penerapan ilmu komputer dalam bidang biologi. Meskipun demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika seperti pembuatan pangkalan data dan pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologi telah dilakukan sejak tahun 1960an.
Kemajuan teknik biologi molekuler dalam mengungkap sekuens biologi protein (sejak awal 1950an) dan asam nukleat (sejak 1960an) mengawali perkembangan pangkalan data dan teknik analisis sekuens biologi. Pangkalan data sekuens protein mulai dikembangkan pada tahun 1960an di Amerika Serikat, sementara pangkalan data sekuens DNA dikembangkan pada akhir 1970an di Amerika Serikat dan Jerman pada Laboratorium Biologi Molekuler Eropa (European Molecular Biology Laboratory).
Protein Data Bank merupakan kumpulan arsip tunggal mengenai data struktural makromolekul biologi dari seluruh dunia. PDB didirikan oleh Brookhaven International Laboratories (BIL) pada tahun 1971. Penentuan struktur molekul protein yang terdapat pada berkas PDB diperoleh dengan menggunakan data eksperimen. Data eksperimen ini berasal dari kristalografi sinar-x atau spektroskopi Nuclear Magnetic Resonance (NMR). Kemudian dilakukan proses dengan program komputer untuk membuat model molekul yang paling sesuai dengan data eksperimen.
Protein Data Bank (PDB) merupakan tempat penampungan data struktur 3D dari protein dan asam nukleat. Data ini diperoleh dari kristalografi sinar-X atau spektroskopi NMR yang dikerjakan oleh ilmuwan biologi dan biokimia dari seluruh dunia. Situs PDB dapat diakses pada alamat http://www.pdb.org/. Situs ini dapat diakses oleh seluruh pengguna internet di seluruh dunia secara gratis. Data-data yang terdapat dalam situs ini dikelola oleh sebuah organisasi yaitu wwPDB (Worldwide Protein Data Bank ). wwPDB terdiri atas organisassi-organisasi yang bekerja sebagai pusat pengumpulan, pemrosesan data, dan distribusi data di PDB.
Salah satu anggota wwPDB adalah Research Collaboratory for Structural Biology Protein Data Bank (RSCB PDB), merupakan sebuah portal informasi yang menyediakan berbagai macam aplikasi dan sumber untuk mempelajari struktur molekuler biologi serta hubungan dengan sekuen, fungsi dan penyakit. wwPDB bekerja dengan memelihara dan menjamin arsip tunggal Protein Data Bank yang berupa data struktur makromolekuler yang ada di sumber-sumber internasional, serta menyediakan secara terbuka dan dapat bebas diakses oleh masyarakat dunia.
